O prvních počátcích školy se zmiňuje školní kronika v Dolní Dobré Vodě založená r. 1871. Vyučovat se zde začalo na přelomu 18. a 19. století, kdy se učilo v tzv. škole pokoutní, jejíž umístění se velmi často měnilo. Tento slav trval až do roku 1854. Horní Dobrá Voda a část Dolní Dobré Vody až po Chlumský potok byly přiškoleny k Hořicím. Druhá část této obce, po levém břehu potoka, a Básnice byly přiškoleny k jednotřídní škole v Milovicích.
Roku 1865 byla v Dolní Dobré Vodě postavena nákladem obce jednotřídní škola, ve které se již následujícího roku začalo učit. Než však byla budova odevzdána svým účelům, byla obsazena pruskými vojáky, kteří po neúspěšné bitvě u Jičína 29. června 1866 (prusko - rakouská válka) obsadili nejenom samotný Jičín, ale i další místa.
Obec Dolní Dobrá Voda vykonávala své patronátní právo až do roku 1870. Dne 7. prosince 1869 převzala školu do své správy c. k. okresní školní rada v Hradci Králové.
Počátkem školního roku 1871/1872 byla ke zdejší škole přiškolena z Milovic obec Básnice a z Hořic obec Horní Dobrá Voda. Přiškolením obou obcí navštěvovalo jednotřídku 130 žáků. a tak c.k. okresní školní rada v Hradci Králové vyhověla místní školní radě, aby byla na obecní náklad přistavěna druhá třída. Obě obce navíc získaly 1000 zl. na stavbu školy. Nové patro bylo přistavěno roku 1873. Ve dvou třídách se začalo vyučovat 1. května 1874. Roku 1881 byla podána žádost o další rozšíření zdejší školy, tentokrát na školu trojtřídní. Roku 1882 navštěvovalo školu již 196 dětí. Tato žádost byla povolena. Básnická obec již ale na stavbu nové třídy nepřispěla, protože se snažila o zřízení jednotřídní školy přímo v Básnicích. Přesto byla ve školním roce 1882/1883 škola přeměněna na trojtřídní. Se zdejší školou je spojena i osoba spisovatele Eduarda Štorcha, který zde vyučoval v roce 1898.
Ve třicátých letech se opět objevovaly snahy o vybudování nové školní budovy. Roku 1937 se započalo s její stavbou. Dolní i Horní Dobrá Voda zakoupily společně pozemek pro novou budovu, která byla vystavěna podle návrhu stavitele Miroslava Vrabce z Hořic, jemuž byla společně s Josefem Pourem stavba zadána. Škola byla slavnostně otevřena veřejnosti 5. června 1938.
Krátce po válce byla škola jednotřídní, ale od padesátých let již dvojtřídní. V roce 1963 byla zrušena škola v Bašnicích a žáci přešli do zdejší školy. Od roku 1974, kdy se zrušila škola v Sukoradech, změnila se škola na trojtřídní. Později přibyli ještě žáci z Lískovic. Nová budova školy / z roku 1938 / nestačila a provoz se musel z části vrátit do staré budovy. Byla v ní jedna třída školy, jedna třída mateřské školy, školní družina a školní kuchyň s jídelnou. To bylo až do roku 1977, kdy byla otevřena nová budova mateřské školy pro 60 dětí s kuchyní a jídelnou.Stará budova školy sloužila 112 let.
Prvním učitelem školy v Dobré Vodě byl podle zápisu kroniky pan Jan Kubát. V roce 1898 zde učil spisovatel Eduard Štorch, ostroměřský rodák. Ve školní knihovně jsou jeho první knížky s vlastním podpisem. Za dobu trvání školy zde působilo 15 ředitelů a 48 učitelů.
Od roku 1952 byla při škole zřízena školní družina, nejprve jedno oddělení, od roku 1971 dvě oddělení. Celkem se vystřídalo 17 vychovatelek.
Také mateřská škola má v Dobré Vodě dlouhou tradici. Od roku 1939 nejprve jako útulek, potom mateřská škola s jednou třídou a od roku 1968 dvě třídy. Jedno oddělení bylo ve staré budově, jedno v nové. Od roku 1977 byly obě třídy v nové budově, postavené v akci Z za dva roky. Byla vybudována letní herna, dětské hřiště, hřiště pro ZŠ a byla zvětšena školní zahrada. V mateřské škole působilo 7 ředitelek a 51 učitelek.
Dalším zařízením školy je školní jídelna. Provoz začal ve staré budově školy v roce 1952. Žáci školy na obědy docházeli, pro mateřskou školu se obědy donášely. Po přístavbě se školní jídelna přestěhovala do nové budovy. Za 50 let se zde vystřídalo 15 kuchařek a 9 administrativních vedoucích. Školní kuchyň vaří obědy pro žáky mateřské školy, základní školy a dovážejí se obědy do základní školy do Milovic. V minulosti se vozily obědy ještě do mateřské školy do Sukorad a do základní školy v Milovicích.
V roce 2010 bylo provedeno zateplení budovy MŠ a ZŠ. Byla vyměněna všechna okna, vstupní dveře, byl zateplen strop v 1.patře školy. Zároveň byly všechny rovné střechy ( na tělocvičně, přístavbě ZŠ a na MŠ ) zatepleny tzv. obrácenou skladbou. Akce byla realizována částečně z dotace OPŽP ve výši 4 311 tis. Kč, celkové náklady zateplení byly ve výši cca 13 mil Kč. Obec ještě za přispění dotace z POV Královéhradeckého kraje ve výši 260 000 Kč vyměnila střešní krytinu na budově školy, celkový náklad cca 500 000 Kč.